U periodu 1996–2010. Podružnica za povijest Slavonije, Srijema i Baranje Hrvatskog instituta za povijest organizirala je više znanstvenih skupova te izdala nekoliko zbornika.

U prvih 14 godina postojanja Podružnica je u suradnji s ostalim srodnim institucijama u Republici Hrvatskoj organizirala više znanstvenih skupova te samostalno ili kao suizdavač s: Franjevačkim samostanom u Slavonskom Brodu, Hrvatskom akademijom znanosti i umjetnosti iz Zagreba, Maticom hrvatskom – ogranak Slavonski Brod, Sveučilištem u Zagrebu, Društvom za hrvatsku povijesnicu iz Osijeka, Maticom hrvatskom – ogranak Osijek, Državnim arhivom u Slavonskom Brodu te Muzejom brodskog Posavlja, izdala nekoliko zbornika.

Znanstveni skupovi:

– Znanstveni skup posvećen Matiji Mesiću, 6., 8. i 9. studeni 1996.

– Znanstveni skup posvećen Vjekoslavu Klaiću, 6. i 7. studeni 1998.

– Znanstveni skup posvećen Ivanu Velikanoviću, studeni 2003.

– Znanstveni skup Donji Miholjac 1057.-2007., 14. rujan 2007.

– Znanstveni skup o franjevcima u Slavonskom Brodu, 27. listopad 2007.

– Znanstveni skup posvećen Andriji Torkvatu Brliću, 14. studeni 2008.

– Znanstveni skup posvećen fra Antunu Bačiću, 14-15. travanj 2010.

Zbornici:

– „Matija Mesić – prvi rektor Sveučilišta u Zagrebu”

– „Jaićev zbornik”

– „Zbornik radova sa Znanstvenog skupa o Slavonskom Brodu”

– „Vjekoslav Klaić – život i djelo”

– „Velikanovićev zbornik”

– „Donji Miholjac od XI. do XX. stoljeća”

– „Franjevci u Slavonskom Brodu”

– „Zbornik o Andriji Torkvatu Brliću”