Tijekom 1995. u Slavonskom Brodu pokrenuta je inicijativa za utemeljenje nove znanstvene jedinice regionalnog karaktera iz područja povijesnih znanosti. Na putu od ideje do realizacije trebalo je riješiti brojne probleme. Iako je ideju i program rada nove institucije podržala većina stručnjaka i znanstvenih institucija u Republici Hrvatskoj, kao i mjerodavne službe slavonskih gradova i županija, ta je potpora ostala uglavnom na deklarativnoj razini.

Program rada nove znanstvene jedinice, s temeljnom zadaćom istraživanja prošlosti istočne Hrvatske (Slavonije, Srijema i Baranje), dobio je odgovarajuću potporu jedino u Gradu Slavonskom Brodu i Brodsko-posavskoj županiji. Osnivanje Podružnice za povijest Slavonije, Srijema i Baranje u Slavonskom Brodu omogućili su: Grad Slavonski Brod i Brodsko-posavska županija, Hrvatski institut za povijest iz Zagreba te Ministarstvo znanosti i tehnologije Republike Hrvatske.

Uz suglasnost Ministarstva znanosti i tehnologije Republike Hrvatske, Hrvatski institut za povijest iz Zagreba donio je 4. lipnja 1996. odluku o utemeljenju svoje Podružnice za povijest Slavonije, Srijema i Baranje u Slavonskom Brodu.

Dana 21. lipnja 1996. Ministarstvo znanosti i tehnologije te Grad Slavonski Brod i Županija Brodsko-posavska sklopili su međusobni Ugovor o financiranju Podružnice. Prema tom Ugovoru, u financiranju rada Podružnice trebaju sudjelovati Ministarstvo s 50% te Županija i Grad s 50% sredstava.

U sudski registar Trgovačkog suda Podružnica je upisana 11. listopada 1996. Formalno-pravni postupci vezani za proces utemeljenja završili su 20. veljače 1997. godine. Do toga dana Podružnica je djelovala u sastavu Muzeja brodskog Posavlja u Slavonskom Brodu.

Osim sudjelovanja u financiranju, Grad Slavonski Brod i Brodsko-posavska županija osigurali su za rad Podružnice prostor od oko 300 m2 u središtu grada (Ulica A. Starčevića 8), zajedno s postojećom opremom i bogatom stručnom knjižnicom, u kojem je do 1991. djelovao bivši Centar za povijest Slavonije i Baranje.

Podržavajući proces decentralizacije znanstvenih institucija, Hrvatski institut za povijest iz Zagreba  utemeljio je te kontinuirano stručno i tehnički pomaže rad Podružnice.

Ministarstvo znanosti i tehnologije Republike Hrvatske financira redoviti rad kao i ugovorene znanstvene projekte Podružnice te podmiruje školarine znanstvenih novaka iz Podružnice.

Od utemeljenja do kraja 2011. godine Podružnicu je kao predstojnik (voditelj) vodio dr. sc. Mato Artuković. U tom razdoblju Podružnica se u velikoj mjeri stručno ekipirala, stvorivši znanstveni kolektiv od petnaestak znanstvenika, znanstvenih novaka i stručnih suradnika. Izgrađen je respektabilan izdavački program, s desecima objavljenih znanstvenih knjiga i vlastitim znanstvenim časopisom. Istraživači iz Podružnice objavili su velik broj knjiga i radova o širokom spektru tema iz povijesti Slavonije, Srijema i Baranje, kao i općenito nacionalne povijesti. Podružnica je organizirala sedam znanstvenih skupova s objavljenim zbornicima. U cjelini, udareni su čvrsti temelji uspješnom budućem radu ustanove.