Podružnica za povijest Slavonije, Srijema i Baranje utemeljena je s glavnim ciljem da se u njoj, suvremenim metodama povijesne znanosti i znanstvenog istraživanja, unapređuju i obogaćuju znanja o prošlosti triju povijesnih pokrajina na području sjeveroistočne Hrvatske. Osim toga osnovnog djelokruga, Podružnica istražuje i povijest okolnih krajeva, u Mađarskoj, Srbiji (Vojvodini) i Bosni i Hercegovini, osobito u mjeri u kojoj se ona isprepleće s hrvatskom poviješću.

Osnovno područje koje je u žarištu istraživačkog zanimanja povjesničara u Podružnici određuje se, u zemljopisnom smislu, kao prostor novovjekovne Slavonije, čitavoga Srijema i hrvatskog dijela Baranje. Pritom se svakako ima u vidu širi kontekst nacionalne povijesti, kao i povijest okolnih naroda i zemalja s kojima su ove hrvatske pokrajine bile i danas jesu u bliskim vezama i doticajima.  Bez šireg regionalnog i međunarodnog vidokruga ne mogu se valjano razumijevati ni tumačiti povijesne pojave i odnosi u području na koje se fokusiramo.

Znanstvenici u Podružnici nastoje se uravnoteženo baviti svim slojevima kompleksne povijesne zbilje, to jest političkom, gospodarskom, socijalnom, kulturnom, demografskom, religijskom/crkvenom, vojnom, intelektualnom itd. poviješću. Isto tako nastoje ravnomjerno istraživati sva velika povijesna razdoblja, od antike preko srednjega vijeka i osmanskog doba do suvremene i najnovije povijesti.

Povijesna istraživanja neizbježno zahvaćaju i u područja drugih humanističkih i društvenih znanosti: filologije, književne povijesti, povijesti umjetnosti, arheologije, arhivistike, filozofije, etnologije, demografije, ekonomije, politologije, prava, zemljopisa, sociologije i dr. Temeljito istraživanje hrvatske povijesti, koja na ovom području predstavlja svojevrsnu prizmu povijesti srednje Europe na granici s Balkanom, zahtijeva uz hrvatski jezik i poznavanje latinskoga, njemačkoga, mađarskoga i turskoga jezika, odnosno filologije i paleografije pisanih izvora na tim jezicima. Zbog toga uz profesionalne povjesničare u Podružnici radi i manji broj stručnjaka drugih disciplina, specijaliziranih za obradu arhivskog materijala, izdavanje i prevođenje izvornog gradiva i dr.

Ukupna djelatnost Podružnice obuhvaća sljedeće glavne sastavnice:

1. Znanstveno-istraživački rad i objavljivanje njegovih rezultata.

Taj se temeljni znanstveni rad u najvećoj mjeri odvija u okviru provedbe znanstvenih projekata odobrenih od Ministarstva nadležnog za poslove znanosti. Do sada su u Podružnici ostvarena tri ciklusa takvih znanstvenih projekata (1997-2002, 2002-2006, 2007-2012). Osim toga, istraživanja pojedinih tema vrše se i u okviru drugih individualnih i timskih radnih projekata, u pravilu usuglašenih s općim planom znanstvene djelatnosti Podružnice.

2. Organizacija znanstvenog rada.

Odvija se kroz osmišljavanje i organizaciju znanstvenih i stručnih skupova te različitih istraživačko-izdavačkih projekata, na kojima se osim znanstvenika iz Podružnice i Instituta okupljaju povjesničari i znanstvenici drugih disciplina iz drugih domaćih i inozemnih ustanova. Podružnica je do 2010. organizirala, odnosno suorganizirala, 7 znanstvenih skupova (s objavljenim zbornicima skupova), a od 2012. namjerava svake godine koncipirati i organizirati po jedan znanstveni skup međunarodnog karaktera. Osim toga, Podružnica djeluje i kao znanstveno opremljen, kolegijalan i poticajan ambijent za mlade znanstvenike (znanstvene novake) koji se u njoj, kao njezini zaposlenici, specijaliziraju u povijesnom istraživanju i pripremaju doktorske disertacije.

3. Znanstveno izdavaštvo.

Podružnica od svojih početaka razvija bogatu izdavačku djelatnost. Do sada je u izdanju Podružnice objavljeno ukupno više od 80 knjiga (monografija, zbornika, izdanja građe itd.). Od toga je oko jedne trećine naslova Podružnica objavila samostalno, a ostale u suizdavaštvu s drugim znanstvenim i kulturnim ustanovama ili nakladnicima. Osim knjižnih izdanja, Podružnica je 2001. pokrenula i znanstveni časopis Scrinia Slavonica koji otada redovito izlazi u jednom svesku godišnje.

4. Ostale djelatnosti.

Većina znanstvenika iz Podružnice sudjeluje u izvođenju sveučilišne nastave povijesti, odnosno surađuje s visokoškolskim ustanovama u ulozi mentora ili članova povjerenstava za ocjenu magistarskih i doktorskih radova. U organizaciji Podružnice i sudjelovanjem njezinih radnika održavaju se brojne promocije izdanja, javna predavanja, okrugli stolovi, tribine i sl. Podružnica ima bogatu znanstvenu knjižnicu s desetak tisuća naslova (knjiga i časopisa), koja je otvorena učenicima, studentima i ostaloj javnosti za korištenje.