Podružnica za povijest Slavonije, Srijema i Baranje sastavni je dio Hrvatskog instituta za povijest (Zagreb), kao javne znanstvene ustanove, i njegova jedina dislocirana istraživačka jedinica.

Za rad i funkcioniranje Podružnice odgovoran je predstojnik Podružnice, kojeg imenuje ravnatelj Instituta.

Istraživači zaposleni u Podružnici surađuju međusobno, s kolegama iz matičnog dijela Instituta, kao i s povjesničarima iz drugih ustanova u Hrvatskoj i inozemstvu.

Timski i kolaborativni istraživački rad ostvaruje se, u najvećoj mjeri, suradnjom unutar pojedinih odjela u Podružnici te suradnjom u okviru znanstvenih projekata koji okupljaju istraživače iz Instituta i izvan njega.

Podružnica posjeduje vlastitu znanstvenu knjižnicu i vodi samostalnu izdavačku djelatnost. Kako bi te organizacijske sastavnice uredno funkcionirale, u Podružnici je, osim istraživačkog kadra, zaposleno i stručno i pomoćno osoblje. Ono je, također, odgovorno i za druge uobičajene tehničke vidove rada ustanove.